在数控系统中，使用指令计数程序可以通过以下步骤实现：
定义计数器和标记
在主程序中定义一个计数器，并将其初始化为0。
在M99指令后添加一个标记，以区分每一次执行M99指令的次数。
调用子程序
在每次调用M99子程序时，计数器先加1。
在M99指令后面加上已定义的标记号，以区分不同的子程序调用。例如：M99 P3。
读取计数器值
在主程序中，可以通过读取计数器的值来了解M99子程序的执行次数，并进行相关的处理。
终止循环
如果需要提前终止子程序调用的循环，可以在程序中设置一个退出标记，当达到预设的次数时，通过相关条件跳出循环并结束程序的执行。
清零处理
每次执行M99调用子程序时，由于计数器会不断加1，因此需要注意在程序中对计数器进行清零处理，以避免计数器超出定义范围的问题。
示例程序
```plaintext
； 主程序
N0000 G00 X0 Y0 Z0
N0001 M03
； 调用子程序并计数
N0010 M99 P1
N0011 G01 X10 Y10
N0012 M99 P2
N0013 G01 X20 Y20
N0014 M99 P3
； 读取计数器值
N0020 M02
N0021 M30
```
在这个示例中：
`N0010 M99 P1`：调用子程序P1，并将计数器加1。
`N0011 G01 X10 Y10`：执行子程序P1的加工指令。
`N0012 M99 P2`：调用子程序P2，并将计数器加1。
`N0013 G01 X20 Y20`：执行子程序P2的加工指令。
`N0014 M99 P3`：调用子程序P3，并将计数器加1。
`N0020 M02`：程序结束，但计数器值保留在内存中。
`N0021 M30`：程序完全结束，光标返回程序头位置。
通过这种方式，可以有效地统计子程序的执行次数，并在需要时进行相应的处理。