处理业委会程序违法的问题，可以采取以下措施：
向相关行政部门举报
如果业委会存在违反法律、法规的行为，可以向物业所在地的区、县人民政府房地产行政主管部门或者街道办事处、乡镇人民政府举报。
责令限期改正或撤销决定
相关行政部门在接到举报后，有权责令业委会限期改正或撤销其违法决定，并通告全体业主。
行政处罚
业委会成员若违反规定，可能会受到行政处罚，包括罚款、责令改正、解聘业委会成员等。
民事赔偿
如果业委会的违规行为造成了居民的损失，业委会可能需要承担相应的民事赔偿责任。
法律诉讼
如果业委会的违法行为侵害了业主的合法权益，受侵害的业主可以向人民法院提起诉讼，请求确认业委会的非法行为无效，并要求恢复原状或给予相应赔偿。
刑事责任
如果业主以业主大会或者业主委员会的名义从事违反法律、法规的活动，构成犯罪的，将依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，将依法给予治安管理处罚。
内部整改
业委会应依法履行其相关职责，不得作出与物业管理无关的决定，不得从事与物业管理无关的活动。一旦发现业委会存在程序违法等问题，应自行进行整改，并向全体业主公开整改情况。
通过以上措施，可以有效地处理业委会程序违法的问题，维护业主的合法权益和社区的和谐稳定。