小程序公司上税的方式如下：
依法申报缴纳增值税和所得税
微信小程序入驻商家的混合销售额增值税率为6%，必须遵照《增值税暂行条例》、《个人所得税法》及相关法规进行申报和缴纳。
发票由入驻商家开具，不开发票的交易不交税。
确定纳税义务
小程序转让按资产转让交税。
通过小程序交易实现的收入，按正常收入交税。
税务登记和许可证
需要办理税务登记，并将收入纳入个人所得税或公司所得税范畴进行申报。
如果小程序提供在线支付服务，可能还需要办理互联网信息服务许可证（ICP许可证）。
申报和缴税时间
一般增值税按月申报，所得税按季申报。
具体申报时间为每月15号前申报增值税，每季度末下月15号前申报所得税。
申报方式
可以选择网上申报或上门申报。网上申报直接登录当地地税局网站，进入纳税申报系统进行申报；上门申报则需要填写纳税申报表并报送主管税务局。
发票管理和认证
每月7号前申报个人所得税，每月15号前申报营业税、城建税、教育费附加、地方教育费附加。年底时申报一次印花税。
月末前持发票的抵扣联去税务局进行认证，并将发票信息抄入IC卡中。
建议：
小程序公司应确保每笔进出款都有依据，依法交税，避免逃税漏税。
对税务方面的知识不够了解的情况下，建议咨询专业的会计或税务顾问，以确保合法合规地上税。