当引导程序遭到破坏时，可以采取以下几种方法进行修复：
制作启动盘并修复引导问题
如果Windows系统无法自行修复，可以制作一张启动盘（如USB或光盘）用以重装系统。在安装过程中，通常会有选项让你修复引导问题。
使用Ubuntu Live USB或CD修复Ubuntu引导程序
使用Ubuntu Live USB或CD启动计算机。
检查并修复文件系统，使用`fsck`命令来检查和修复文件系统。
重新安装GRUB引导程序，通过绑定设备文件、进程文件和系统文件，然后切换到已挂载的系统环境来重新安装GRUB。
使用Windows安装媒体修复引导
使用Windows安装媒体启动计算机，并选择“修复你的计算机”选项。
在“疑难解答” > “高级选项” > “命令提示符”中，输入以下命令：
`bootrec /fixmbr`
`bootrec /fixboot`
`bootrec /rebuildbcd`
重启计算机查看是否修复了引导区问题。
进入急救模式并恢复GRUB引导程序
如果计算机无法正常启动，尝试进入急救模式。
在急救模式下，从备份文件中恢复GRUB引导程序。具体步骤包括创建磁盘、格式化、挂载、备份文件，然后模拟对MBR中的GRUB引导程序的破坏，不破坏分区表，最后从备份文件中恢复GRUB引导程序。
重建GRUB菜单配置文件
如果GRUB菜单配置文件丢失或被删除，可以尝试重新构建它。
进入chroot环境，重新构建GRUB菜单的配置文件，然后退出chroot环境并重启计算机。
手动输入引导命令
在GRUB菜单中，选择合适的操作系统或内核。
手动输入引导命令来启动内核和加载必要的驱动程序。这些命令可能包括`root`、`kernel`、`initrd`和`boot`等。
删除/boot/grub/grub.conf文件
删除`grub.conf`文件可能有助于解决问题，但这将导致计算机无法启动到操作系统，除非提前备份了该文件或已经设置了其他引导加载器。
使用第三方修复工具
可以使用一些第三方的修复工具和Live CD来修复硬盘引导区。这些工具通常提供了更多的选项和功能，可以帮助你更灵活地处理引导问题。一些常见的工具包括EasyBCD、GParted等。
建议根据具体情况选择合适的修复方法。如果使用的是Windows系统，建议首先尝试使用Windows安装媒体进行修复。如果问题依旧存在，再考虑使用Ubuntu Live USB或CD进行修复。在操作过程中，请确保数据备份，以防数据丢失。