分居离婚的程序主要分为两种情况：协议离婚和诉讼离婚。
协议离婚
双方自愿：
夫妻双方自愿离婚，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
等待冷静期：
登记之后需等待30天的离婚冷静期即可完成。
诉讼离婚
分居满两年：
如果夫妻双方分居已经满两年，可以向法院提起离婚诉讼。
调解无效：
在起诉离婚前，法院会进行调解，如果调解无效，则可以提起诉讼。
准备材料：
包括身份证、结婚证、户口本等证明身份和婚姻关系的材料，以及分居证明等。
法院受理与立案：
法院在收到起诉状后，会进行审查，决定是否受理，并进行立案。
开庭审理：
法院受理后，会安排开庭时间，夫妻双方需要到庭参加。
判决离婚：
法院根据审理情况，做出判决。如果符合离婚条件，法院会判决离婚。
特殊情况
宣告失踪：
如果被告下落不明满两年，配偶可以向法院申请宣告失踪，再向法院提起离婚诉讼，这种情况下，法院通常会准予离婚。
缺席审判：
即使被告下落不明，法院也可以通过公告送达等方式对被告进行送达。如果被告无正当理由拒不到庭或未经法庭许可中途退庭，法院可以缺席判决。
建议
协议离婚：如果双方能够协商一致，且愿意等待30天冷静期，可以选择协议离婚，这种方式较为便捷。
诉讼离婚：如果双方无法协商一致，或者一方不同意离婚，可以选择诉讼离婚。诉讼离婚需要准备充分的证据，并且可能会涉及较长的法律程序。
无论选择哪种方式，都建议在做出决定前慎重考虑，并咨询专业律师的意见。