小辣椒手机使用的系统主要有以下几个选项：
阿里YunOS
小辣椒K1C和S31均采用了阿里YunOS系统。YunOS是一个基于Linux的操作系统，由阿里巴巴集团开发，它提供了丰富的功能和良好的用户体验。小辣椒K1C的5.0英寸HD高清屏、后置800W像素+前置200W像素的摄像头以及64位处理器等配置，加上支持内存扩展，使其在399元价位手机中表现出色。小辣椒S31则主打大存储容量和8个微信同时打开功能，适合微商用户，并且在国内超过14家主流卫视联合推荐下，声势浩大。
Freeme OS
早期的小辣椒手机如红辣椒4A采用了基于Android 7.1.1内核的Freeme OS系统。该系统注重实用性和流畅度，并提供了本土化的定制功能，整体风格简洁，用户体验较为便利。
Android系统
小辣椒手机也使用过基于Android 4.0和Android 4.3的系统。例如，小辣椒3搭载了安卓4.3系统，界面更加人性化，支持个性化选项和预装热门第三方应用，提高了便利性。
建议
如果注重功能和用户体验，且预算有限，可以选择小辣椒K1C或S31，它们均搭载阿里YunOS系统，配置实用且价格亲民。
如果注重实用性和流畅度，且对本土化定制功能有较高要求，可以考虑红辣椒4A，它搭载的Freeme OS系统在用户体验上较为出色。
如果追求更高的系统流畅度和丰富的功能整合，可以考虑其他品牌如小米的手机，它们搭载的MIUI系统在用户体验和功能上相对更为成熟和强大。
根据以上信息，用户可以根据自己的需求和预算选择最适合自己的小辣椒手机系统。