当法院程序违法时，可以采取以下几种处理方式：
上诉：
当事人对法院程序违法的一审判决或裁定，可以在法定期限内向上一级法院提起上诉，要求重新审理和判决。
申请监督：
当事人可以向检察院申请监督，认为法院的民事或刑事执行活动存在违法情形。
申请再审：
当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
投诉：
发现法官办案程序违法的，可以向上一级法院、纪检或检察院等部门投诉。投诉属实的，被检举法官可以由所在法院给予行政处分，如果涉嫌犯罪，由司法机关追究刑事责任。
审判监督程序：
对已经发生法律效力的判决、裁定和调解书，存在错误的，可以申请审判监督程序进行纠正。
发回重审：
第二审人民法院在审理上诉案件时，如果发现第一审人民法院的审理违反法律规定的诉讼程序，应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
根据具体情况选择合适的处理方式，可以有效维护当事人的合法权益和司法公正。