工程程序违规的处理措施主要包括以下几个方面：
责令停止施工
相关部门在发现违法施工行为后，会立即责令施工单位停止施工，以防止违法行为的进一步扩大和损害后果的加剧。
限期拆除或改正
对于已建成的违法建筑，相关部门会要求建设单位在限定时间内自行拆除或改正至符合规划要求的状态。
行政处罚
根据违法情节的严重程度，相关部门可对施工单位处以罚款、没收违法所得等行政处罚措施。例如，未按规定申领施工许可证而擅自施工的建设单位，可能会被处以工程总造价0.5%至2%的罚款，对施工单位可处以5000元以上30000元以下的罚款。
补办手续
对于某些违规行为，可能还需要建设单位补办相关手续，例如补办施工许可证、签订安置补偿协议等。
协商与裁决
若协商未能达成协议，可以申请行政裁决。若不履行安置补偿协议或者安置补偿裁决的，由人民法院强制执行。
追究刑事责任
若违法施工行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，相关部门将依法移送司法机关追究刑事责任。
加强安全生产管理
工地管理方应建立健全的安全生产责任制度，加强对工人的安全教育和培训，减少违规操作的发生。
工伤保险待遇
一旦工伤被认定，受伤工人可以享受相应的工伤保险待遇。
法律途径解决争议
如果双方对赔偿金额存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。
综上所述，处理工程程序违规问题需要综合运用多种手段，包括行政处罚、法律裁决、刑事责任追究等，以确保工程项目的合法合规进行。同时，建设单位和管理方也应加强内部管理，预防违规行为的发生。