程序违法调解的处理方式主要取决于违法的性质和严重程度，以下是一些可能的处理方式：
现场调解程序违法
告知调解信息：如果现场调解未遵守相应程序，如未告知调解的时间、地点、调解人员等，这属于未依法履职。调解过程必须严格按照法律规定进行，确保所有必要信息都已向当事人明确告知。
对已生效裁判的申诉
申请审判监督程序：当事人及其法定代理人、近亲属对已发生法律效力的裁判不服的，可以申请审判监督程序。这一程序旨在纠正生效法律文书中的错误。
违反调解协议的处理
联系当事人：对于轻微的违约行为，可以首先尝试通过联系当事人并进行协商解决。
发出催告函：如果联系当事人无果，可以向其发出催告函，要求其在规定时间内履行调解协议。
申请强制执行：如果当事人拒绝履行调解协议，可以向人民法院申请强制执行。
追究违约责任：对于严重的违约行为，可以向当事人追究违约责任，这可能包括赔偿损失、支付违约金或失去某些权利等。
劳动仲裁程序违法
撤销仲裁决定：如果劳动仲裁庭审程序违法，可以申请撤销该仲裁决定，或者直接向人民法院起诉。
向法院提起诉讼：劳动仲裁无法解决的劳动争议，由人民法院通过诉讼的方式解决。
法院办案程序违法
上诉：民事诉讼中的当事人、刑事公诉案件被害人及其法定代理人不服地方各级人民法院第一审的判决、裁定的，有权用书状或者口头向上一级人民法院上诉。
投诉：发现法官违法，可以向上一级法院、纪检或检察院等部门投诉。投诉属实的，被检举法官可以由所在法院给予行政处分，如果涉嫌犯罪，由司法机关追究刑事责任。
行政处罚程序违法
判决撤销或重新作出：人民法院对违反法定程序的行政处罚，可采取判决“撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为”。
建议
及时采取行动：一旦发现程序违法，当事人应及时采取行动，包括联系对方当事人、发出催告函、申请强制执行或向有关部门投诉。
寻求专业帮助：在处理复杂的调解或诉讼问题时，建议咨询专业律师，以获得更具体和专业的法律建议。
保留证据：在整个处理过程中，应妥善保留所有相关证据，以便在需要时能够提供有力的支持。
通过以上方式，可以有效地处理程序违法调解的问题，维护当事人的合法权益。