申请手机程序专利的步骤如下：
准备申请文件
包括请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
请求书应写明发明或实用新型的名称、发明人的姓名、申请人姓名或名称、地址及其他事项。
说明书应对发明或实用新型作出清楚、完整的说明，必要时应有附图。
摘要应简要说明发明或实用新型的技术要点。
权利要求书应以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。
进行专利检索
确保你的发明或设计是独一无二的，没有被其他人先申请或拥有专利。
提交申请
可以通过专利代理机构或直接通过国家知识产权局网站提交申请。
提交前检查文件，确保所有文件符合格式要求，并且按规定签章。
提交申请时通常需要缴纳一定的申请费用。
审查过程
发明专利需要经过初步审查和实质审查；实用新型和外观设计专利只需初步审查就可以授权公告。
在审查过程中，申请人需要回答专利局对申请的质疑，并进行必要的修改或补充。
专利授权
如果审查通过，专利局将授予专利权并颁发证书。
后续手续
根据专利局发出的各类通知书，及时作出准确且有效的回应，并办理专利权益登记手续，缴纳相关费用。
建议：
由于专利申请过程较为复杂，建议委托专业的专利代理机构协助申请，以提高申请成功率和专利质量。