确保办案程序的合法性，需要从以下几个方面进行：
主体资格合法
审查案件的公安人员必须具备执法资格，通过相关执法资格考试并获得执法权限。
程序合法
立案程序：严格按照规定的立案标准进行立案审查，对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围迅速进行审查，符合条件的应当及时立案。
调查取证程序：在收集证据过程中，必须依法进行，例如在进行询问时，应当告知被询问人如实陈述的义务以及作伪证的法律后果；进行搜查时，必须向被搜查人出示搜查证等相关法律手续。
强制措施的适用：对犯罪嫌疑人采取刑事拘留、取保候审、监视居住等强制措施时，要严格遵循法定的适用条件和程序，例如对于符合《中华人民共和国刑事诉讼法》第八十一条规定情形的犯罪嫌疑人，才可依法批准逮捕。
案件处理程序：在案件侦查终结后，无论是移送起诉还是作出其他处理决定，都要符合法定程序，如在行政案件中，根据调查结果，依法作出处罚决定，并按照规定的方式送达当事人。
依据合法
在判断违法行为的性质和确定处罚措施时，必须引用准确的法律条款，例如在处理盗窃案件时，依据《中华人民共和国刑法》关于盗窃罪的相关条款来认定犯罪事实和量刑标准。
证据收集的合法性
在刑事案件证据收集、固定的过程中，要严格按照程序进行，保证证据最大程度的不被污染，例如勘验现场时要保证案件现场不被污染，确保不会遗漏重要证据。
办案过程的合法性
遵守《中华人民共和国刑事诉讼法》规定的办案节点和具体规范，例如回避制度、领导干预案件的情况等，确保办案过程的公正性。
其他相关规定
行政机关进行行政执法时，应当遵循合法、公正、公开、及时的原则，尊重和保障人权，保护公民的人格尊严，例如执法人员要有2人以上并佩戴统一执法标志，依法告知检查项目及处罚依据，以事实为依据，以法律、法规为准绳，依法收集证据，依法听取当事人的陈述和申辩。
通过以上几个方面的严格遵循和合法操作，可以确保办案程序的合法性，有效防止冤假错案的发生，维护司法公正和社会稳定。