公司合并的程序主要包括以下几个步骤：
董事会制订合并方案
合并方案通常包括合并各方当事人、合并方式、合并估值及对价安排、过渡期损益安排、债权债务承继方案、员工安置方案、存续公司注册资本及股权结构、存续公司名称、经营范围、治理结构等安排。
签订公司合并协议
合并协议应包括公司的名称与住所、存续或新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量、投资总额、每个出资人所占投资总额的比例、合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法、合并各方所有的债权、债务的处理方法、存续公司的公司章程是否变更、新设公司的章程如何订立及其主要内容等。
编制资产负债表和财产清单
资产负债表反映公司资产及负债状况、股东权益，必须真实、全面地编制。
财产清单应详实、准确、清晰地反映公司的财产状况。
内部审议程序
合并方案确定后，合并各方需履行内部审议程序，包括股东会决议等。
债权人通知及公告程序
公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
外部审批程序
如果涉及股份有限公司或国有企业合并，可能需要报请国务院授权部门或省级人民政府批准。
账务处理与资产转移
合并各方需进行账务处理，包括合并账务、转移资产、业务、员工等。
办理合并登记手续
合并后存续公司需办理变更登记，被吸收公司需办理注销登记，新设公司需办理设立登记。
公告
自公告之日起四十五日后，向登记机关申请登记。
建议：
在进行公司合并时，务必严格按照《公司法》及相关法规的规定执行，确保合并程序的合法性和合规性。
合并过程中涉及的财务、法律、税务等问题应咨询专业机构和人员，以确保合并顺利进行并维护各方利益。