如果发现竞标程序不合法，可以采取以下措施进行处理：
提起行政诉讼：
投标人或其他利害关系人可以向相关行政机关提起行政诉讼，要求对违法行为进行查处和纠正。行政诉讼是通过法院解决行政争议的一种途径，可以保护投标人或其他利害关系人的合法权益。
提交投诉举报：
投标人或其他利害关系人可以向相关监管部门提交投诉举报，要求监管部门对违法行为进行调查和处理。监管部门有权对违法行为进行查处，并可以采取相应的措施保护投标人或其他利害关系人的权益。
寻求法律援助：
投标人或其他利害关系人可以咨询律师，寻求法律援助。律师可以帮助他们分析案件的法律性质和法律责任，并提供相应的法律建议。如果投标人或其他利害关系人符合法律援助的条件，他们还可以申请法律援助，获得免费的法律服务。
参与公众监督：
投标人或其他利害关系人可以通过媒体、互联网等途径，向公众揭露违法行为，引起公众的关注和监督。公众监督是一种非正式的监督方式，可以通过舆论压力迫使相关部门对违法行为进行处理。
寻求协商解决：
投标人或其他利害关系人可以与相关部门或其他利益相关方进行协商，寻求问题的解决。
停止相关招标投标活动：
若发现一个投标人不合法，首先应立即停止与之相关的一切招标投标活动，避免进一步的损失和不良影响。
向行政监督部门报告：
招标方应及时向有关行政监督部门报告该情况，详细说明不合法的具体情形和相关证据。行政监督部门会介入调查，核实情况的真实性和严重性。
重新组织招标：
对于已经进行的招标投标程序，可能需要根据具体情况进行评估和处理。如果不合法行为尚未对招标结果产生实质性影响，经行政监督部门批准，可重新组织招标；若已确定中标人且其行为构成严重违法，行政监督部门可能会宣布中标结果无效，责令重新招标或依法另行确定中标人。
民事、行政和刑事责任：
公司不正当竞标涉及的法律责任，主要分为民事责任、行政责任以及刑事责任三种。民事责任主要针对投标人在竞标过程中故意采取欺诈手段以获得中标资格；行政责任涉及到投标人和其他人之间存在着的相互串通投标或与其招标人进行串通投标现象；刑事责任则包括《刑法》第二百二十三条规定的串通投标罪。
提出异议：
根据《招标投标法》第六十五条规定，投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合本法有关规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。
在处理竞标程序不合法的问题时，建议首先了解具体的法律后果和后果，然后选择合适的途径进行维权，如提起行政诉讼、提交投诉举报或寻求法律援助等。同时，与相关部门或其他利益相关方进行协商，寻求问题的解决也是有效的方法。