计算机信息系统集成资质办理流程如下：
准备申请材料
企业营业执照副本、组织机构代码证副本、税务登记证副本。
企业法定代表人身份证明、技术负责人和管理人员的任职文件、身份证明、学历证书、职称证书等。
企业近三年内完成的信息系统集成项目清单及合同、验收报告等相关证明材料。
企业的质量管理体系文件、项目管理体系文件、客户服务体系文件等。
提交申请
将准备好的申请材料提交至所在省市的计算机信息系统集成行业协会，并按照要求缴纳申请费用。
资格审查
协会对企业提交的申请材料进行资格审查，审查内容包括企业的基本情况、人员资质、项目业绩、管理体系等方面。
现场评审
对于通过资格审查的企业，协会将组织专家进行现场评审，评审内容包括企业的办公环境、技术设施、项目管理、质量管理、客户服务等方面。
综合评审
协会根据资格审查和现场评审的结果，进行综合评审，确定企业是否符合CS资质的要求。
颁发证书
对于通过综合评审的企业，协会将颁发CS资质证书，并在官方网站上进行公示。
建议企业在申请过程中，确保所有材料的真实性和完整性，并积极配合协会的审查和评审工作，及时提供相关资料和信息，以提高申请成功率。