选择手机申请ETC时，微信ETC和支付宝ETC都有各自的优势和劣势。以下是它们的具体比较：
微信ETC
优势：
办理流程简便，用户可以在线完成申请和安装，无需绑定银行卡。
通行费用可以从微信零钱中扣除，享受最多9折优惠。
如果腾讯信用分达到630分，可以免费获得ETC设备；若不符合条件，则需要支付280元设备费。
支持上传个人证件信息，无需绑定银行卡。
通过微信办理ETC的费用较低，通常为100-200元。
微信城市服务的ETC服务已覆盖多个省份和城市，覆盖面较广。
劣势：
需要支付100元的设备费用（通过邀请三个好友可以免去此费用）。
可享受通行费用优惠的省份相对较少。
售后服务可能存在问题，如问题反馈没有人理会，设备发货延迟等。
支付宝ETC
优势：
全程在线办理，无需绑定银行卡，办理和解绑可直接通过手机一键办理，方便快捷。
芝麻信用分超过550分即可申请ETC，享受先通过后支付的服务。
支持一个账户绑定多辆车，可以为未开立支付宝账户的代付高速费。
支付宝ETC设备免费，且部分银行提供高速通行费9折优惠。
支付宝有丰富的活动，如加油满减优惠。
劣势：
需要支付280元的设备费（天津地区为280元，山东地区为298元）。
单次金额付费的上限为100元，超出部分需要使用其他支付方式。
每次通行都要加收服务费，虽然2019年7月1日起执行95折优惠，但仍有额外收费。
通行费优惠力度相对较少，且每个地方的通行服务费可能会有所不同。
建议
如果经常使用微信进行支付，且信用分较高（630分以上），微信ETC是一个不错的选择，因为它不仅办理流程简便，而且可以享受微信支付的便利和优惠。
如果经常使用支付宝，且芝麻信用分超过550分，支付宝ETC也是一个很好的选择，因为它无需绑定银行卡，且设备免费，部分银行还提供额外的高速通行费优惠。
如果对设备费用较为敏感，且希望享受更多银行优惠，可以考虑银行推出的ETC信用卡或储蓄卡，通常设备免费，且可能有更多的优惠活动。
综合考虑，微信ETC在办理流程和支付方式上更为便捷，而支付宝ETC在设备免费和部分优惠方面有一定优势。建议根据个人使用习惯和需求选择合适的ETC服务。