京东旗舰店和京东自营的主要区别体现在以下几个方面：
销售模式
京东自营：京东以企业身份采购产品，以京东品牌名义卖出，采用B2B（厂家卖给京东）再B2C（京东卖给消费者）的模式。京东在整个销售链条中扮演重要中间角色，先从厂家大规模采购商品，再通过自身平台面向消费者销售。
京东旗舰店：品牌厂家利用京东平台销售自家产品，采用B2C（厂家直接卖给消费者）的模式。品牌方在京东上开设自己的店铺，直接与消费者建立销售联系。
发货方
京东自营：发货方是京东官方，商品由京东的仓库进行分拣、包装并发出，提供快速配送和售后服务。
京东旗舰店：发货方是品牌官方，根据品牌自身的库存管理和物流安排，从其指定的发货地点将商品寄送给消费者。部分旗舰店可能会使用京东自营的物流服务。
商品属性
京东自营：商品由京东统一采购和管理，类似于大型综合超市的经营模式，消费者购买自营商品时，商品种类丰富多样，在京东统一的采购和管理体系之下。
京东旗舰店：商品由各个品牌商家独立运营，专注于展示和销售自家品牌的产品，商品特色和风格更加集中体现品牌自身的定位和形象。
物流
京东自营：依托京东物流体系，发货速度快，通常全国范围内到货迅速，提供高效配送服务，如211限时达、夜间配等。
京东旗舰店：一般使用第三方物流，如顺丰、圆通、中通等，发货速度和送货时间相对较长。
平台角色
京东自营：京东平台自己经营店面，负责商品采购、库存管理、物流配送和客户服务，消费者更信赖自营店的商品质量和售后服务。
京东旗舰店：品牌商家在京东平台上开设店铺，负责店铺运营、商品上架和客户服务，平台主要负责监管，确保商家合规经营。
利润和运营
京东自营：京东从品牌厂家采购商品，以较低价格销售，利润主要来源于服务费，平台不承担商品销售利润。
京东旗舰店：商家自行决定商品价格，利润较高，但需要自行承担店铺运营和物流成本。
总结：
京东自营和京东旗舰店在销售模式、发货方、商品属性、物流、平台角色和利润等方面存在明显差异。京东自营以京东品牌销售，提供快速、统一的物流配送和售后保障，适合对商品质量和售后服务有较高要求的消费者；而京东旗舰店则由各品牌商家独立运营，商品种类和品牌特色更突出，适合追求个性化购物体验的消费者。