工程设计费用的收取标准主要依据工程项目的总投资额、工程复杂程度、设计内容以及市场调节等因素。以下是一些具体的收费标准和计算方法：
政府指导价
对于建设项目总投资估算额在500万元及以上的工程勘察和工程设计收费，实行政府指导价。
基准价根据《工程勘察收费标准》或《工程设计收费标准》计算，浮动幅度为上下20%。
市场调节价
对于建设项目总投资估算额在500万元以下的工程勘察和工程设计收费，实行市场调节价。
由发包人和勘察人、设计人协商确定收费额。
收费计算方式
工程设计费通常包括基本设计收费和其他设计收费。
基本设计收费=工程设计收费基价×专业调整系数×工程复杂程度调整系数×附加调整系数。
工程设计费=工程设计收费基准价×（1±浮动幅度值）。
不同设计内容的收费标准
初步设计或施工图设计：按照各占比例乘以1.1计算收费。
标准设计、复用设计：按照同类新设计项目的20%收费。
工程技术咨询服务：每工日85元。
附加收费
特级和一级项目：在设计费用的基础上额外增加10%作为附加收费。
二级项目：在设计费用的基础上额外增加6%作为收取款项。
三级项目：在设计费用的基础上额外增加3%作为收取额度。
特定情况下的调整
如果只委托做初步设计或施工图设计时，按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。
如果增加编制施工图预算，按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。
对于扩建项目，除行业有明确规定者外，可按同类新建项目乘以1.1系数计算收费。
技术改造项目，根据设计技术复杂程度，可乘以1.2-1.4的系数计算收费。
需要进行地震设防的项目，按定额计算时，根据设计工作量增加的情况，可乘以不超过1.2的系数。
这些标准和计算方法提供了一个大致的框架，但实际收费可能会因项目的具体情况、地区差异以及双方的协商而有所不同。因此，在具体项目中，建议发包人和设计人根据项目的实际情况详细讨论并确定最终的收费额。